繼上一次的怪獸高燃對戰之後,金剛和哥斯拉將再度聯手對抗一個潛伏在世界中的巨大威脅,並逐步探索這些巨獸們的起源以及骷髏島等地的奧祕。同時,上古之戰的面紗也將會被揭曉,而正是那場戰鬥創造出了這些超凡的生物,並深刻影響了人類世界的命運。