西曆5012年。突然入侵地球的<外星人>與其製造的<機械生物>導致人類面臨滅亡危機。 僅存的人類逃至月球,爲了奪回地球,利用<人造人>士兵展開反攻作戰。 然而無限增加的<機械生物>阻擋在前,戰爭陷入膠著狀態。 作爲最終兵器,人類派遣新型人造人<寄葉>部隊至地球。剛被派往地球的<2B>與先行調查員<9S>會合,一同執行任務,卻在途中遇見許多神祕難解的現象……。 這是關於爲人類而戰,無生命<人造人>的故事-- PS:Automata指的是「自動人形」,別再機械紀元求求了。